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SEO目線でいうならwwwありでもなしでも違いはないみたいです。ただ、wwwありとwwwなしの両方のページが存在するのはなんか少し気持ち悪い感じがするのでどちらか片方に統一してみました。ちなみに僕はwwwなしにしました。理由は単純に「シンプルだから」です。統一する流れとしては.htaccessに必要な設定を書き込むこととGoogleウェブマスターツールで設定変更することの2点です。

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.htaccessでどちらか片方にリダイレクトさせる

.htaccessはルートディレクトリに置きます。以下のコードを追加します。

wwwありの場合

RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^example.com
RewriteRule ^(.*)$ http://www.example.com/$1 [R=301,L]

wwwなしの場合

RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.example.com
RewriteRule ^(.*)$ http://example.com/$1 [R=301,L]

example.comの部分は自分のドメインに置き換えます。

Googleウェブマスターツールの設定変更の手順

1. 自分のサイトを追加します。この時wwwなしとwwwありの両方を追加します。
2. ダッシュボードの左側メニューに「サイトの設定」→「設定」をクリックします。
3. 「使用するドメイン」という項目がありますのでその中からwwwありのURLかwwwなしのURLどちらか好きな方を選択します。

以上で設定が変更されます。上記で選択したURLが優先的に使用するドメインとしてインデックスに登録されます。

Googleウェブマスターツール